A estrutura administrativa básica do Município de Muliterno constitui-se dos seguintes órgãos, cujas atribuições gerais serão aquelas adiante especificadas:
I – ÓRGÃOS DE ASSESSORAMENTO:
1. Gabinete do Prefeito;
2. Assessoria Jurídica;
3. Coordenadoria de Supervisão e Planejamento;
4. Unidade Central de Controle Interno – UCCI.
II – ÓRGÃOS DA ADMINISTRAÇÃO GERAL:
1. Secretaria Municipal da Administração;
2. Secretaria Municipal da Fazenda.
III – ÓRGÃOS DA ADMINISTRAÇÃO ESPECÍFICA:
1. Secretaria Municipal de Obras e Serviços Públicos;
2. Secretaria Municipal de Educação, Cultura e Turismo;
3. Secretaria Municipal da Saúde;
4. Secretaria Municipal da Agricultura, Fomento Econômico e Meio Ambiente;
5. Secretaria Municipal da Assistência e Bem-Estar Social;
6. Secretaria Municipal para Assuntos Indígenas.
IV – ÓRGÃOS CONSULTIVOS E DE DESCENTRALIZAÇÃO ADMINISTRATIVA
1. Subprefeituras Distritais;
2. Núcleo de Atividades de Interesse comum da União e do Estado;
3. Conselhos Municipais;
4. Ouvidoria;